La guerre de Trente Ans a eu de lourdes conséquences sur la population du Roussillon. Afin de tenter de stabiliser la région, ils imposèrent aux Catalans de proclamer la république ou de nommer un roi, mais quoi qu'il en soit, d'acquérir leur indépendance vis-à-vis de l'Espagne.
La Catalogne choisit Louis XIII, roi de France, le 7 septembre 1640, comme nouveau comte de Barcelone.
Annexion pacifique de Louis XIII
Grâce à cette nomination, les Français firent leur entrée pacifiquement dans le Roussillon, mais les trois plus importantes garnisons ne furent pas évacuées par les Castillans (Salses, Perpignan et Collioure). Par ailleurs, le chef des Tercios, Juan de Arce, tenta d'occuper Ille-sur-Têt pour verrouiller le Conflent. Mais la ville ferma ses remparts (23 septembre 1640) et les Tercios l'assiégèrent.
Le traité des Pyrénées
Les Franco-Catalans levèrent le siège par la force, mais ils revinrent peu de temps après. À nouveau délogés, c'est en rage qu'ils se replièrent sur Perpignan en détruisant tous les villages qu'ils croisèrent sur leur route : Corneilla-la-Rivière, Le Soler, Toulouges, etc.
Sous la menace d'une nouvelle armée de Philippe IV, la Catalogne se mit directement sous l'autorité du roi de France le 23 janvier 1641. Ainsi, trois jours plus tard, c'est légitimement que Louis XIII riposta à l'attaque lancée le 26 contre le Roussillon. Ce fut une victoire des Français (bataille de Montjuïc). Une étape supplémentaire fut franchie le 19 septembre 1641 à Péronne, avec la signature d'un traité qui fit officiellement de Louis XIII le comte de Barcelone, du Roussillon et de la Cerdagne. Le 23 février 1642, ce traité fut confirmé religieusement par l'énoncé d'un serment en la cathédrale de Barcelone.
Durant l'été 1641, Louis XIII mit le paquet pour faire tomber l'une des trois places fortes résistantes : Perpignan. Un siège énorme eut lieu sur la ville du 4 novembre 1641 au 9 septembre 1642. Durant le printemps 1642, Louis XIII vint lui-même à Saint-Estève pour superviser les combats et y attendre la reddition de la ville. Il dut attendre jusqu'au 9 septembre 1642.
Le Traité des Pyrénées
Le 14 mai 1643, Louis XIII décède, et son successeur, Louis XIV, n'a que 5 ans. Une période de régence s'installe, suivie d'émeutes (la Fronde). Face à cette crise interne en France, Philippe IV en profite pour reconquérir les Albères, puis il s'étend progressivement. Peu à peu, Barcelone devient l'objectif. La capitale tombe en 1651, abandonnée par les Français. Les escarmouches se poursuivent : les Français prennent la Seu d'Urgell, puis Puigcerda, tandis que les Espagnols gagnent le Conflent. Mais déjà, les négociations ont commencé, et les combats se calment un peu.
Le 9 mai 1659, un cessez-le-feu bilatéral est décrété, puis le 7 novembre 1659, le Traité des Pyrénées est signé, fixant la frontière entre les deux pays, mais de manière imprécise. D'ailleurs, il restait à régler le problème de la Cerdagne, située à cheval sur les deux pays. Les Catalans furent mis à l'écart de la négociation.
Ils n'eurent connaissance du Traité des Pyrénées que trois mois plus tard, en février 1660. Le 23 mars 1660, à Céret, une conférence s'est tenue au couvent des capucins pour confirmer le Traité des Pyrénées et fixer la frontière de manière plus précise. La France obtint le Roussillon, le Vallespir, le Conflent, le Capcir et la vallée du Carol, ainsi que tous les villages jouxtant le Conflent et le Capcir, soit 33 villages.
Mais il fallut attendre le 12 novembre 1660, à Llivia, pour que les noms des 33 villages soient fixés. Considérée comme une ville, Llivia en fut exclue, ce qui explique pourquoi elle est toujours espagnole de nos jours, enclavée dans la France. Cette enclave était desservie par deux routes : une au nord vers la France et une autre au sud vers l'Espagne. Cette dernière était considérée comme espagnole, mais les conflits inévitables qui y survenaient étaient jugés par un tribunal spécialement créé pour traiter de tels cas.
La suite de l'histoire du Roussillon concerne le Roussillon au moment où il est devenu français, aux XVIIe et XVIIIe siècles.
Les Pyrénées-Orientales