La fin du XIXe et le début du XXe siècles marquent un intérêt croissant pour l'histoire et le patrimoine. Bien que l'on soit encore loin des notions modernes de conservation du patrimoine ou de méthodes rigoureuses de fouilles, cette période fut particulièrement riche en découvertes archéologiques à Perpignan et dans sa région.
Les grandes avancées dans le domaine de la préhistoire furent principalement réalisées grâce aux travaux de Charles Depéret, paléontologue et géologue, ainsi que d'Albert Donnezan, médecin, archéologue et historien local. Le principal site de fouilles de cette époque fut celui du Serrat d'En Vaquer. À la fin du XIXe siècle, lors de la construction du fort sur ce site, les premières fouilles archéologiques d'ampleur y furent entreprises.
Grâce à leur vigilance, ces chercheurs ont pu recueillir divers fragments d'os, mâchoires, crânes, défenses et carapaces, datant de l'ère ruscinienne. Parmi les découvertes notables figure le fossile de la tortue de Perpignan, la plus grande tortue terrestre ayant jamais existé. Ce fossile est aujourd'hui exposé à la Galerie de l'Évolution, à Paris, tandis qu'un moulage est conservé localement. Le site du Serrat d'En Vaquer, daté entre -4,5 et -3,5 millions d'années, a révélé des vestiges d'espèces variées : singe, ours, tigre à dents de sabre, petit cheval, lynx, rhinocéros, éléphant à défenses droites, entre autres.
Les découvertes réalisées sur ce site sont pour la plupart conservées au Muséum d'Histoire Naturelle de Perpignan. On y trouve notamment une défense et une molaire de mastodonte, un moulage de crâne de singe et un fragment de porc-épic. Cependant, le musée ne peut présenter qu'environ 1% de ses collections en raison d'un manque de place. Le reste, soit plus de 500 pièces, demeure stocké dans des réserves, en attente d'être valorisé auprès du public. Ces collections incluent des pièces exceptionnelles, comme des fragments de rhinocéros, de sangliers et d'hipparions.
Les Pyrénées-Orientales