Pons VI est le second fils de Pons V d'Ampurias et de Marquise, vicomtesse de Cabrera. Il succéda à son père à la tête du comté d'Ampurias en 1313 et le conserva jusqu'en 1322. Il épousa en 1313 Isabelle, fille naturelle de Frédéric II, roi de Sicile, et ils eurent ensemble une fille unique, malheureusement posthume pour le comte : Marquise, morte à l'âge de 4 ans (1323-1327).
La mort prématurée de Pons VI signa l'arrêt de la lignée des comtes d'Ampurias. En 1322, ce comté passa à son neveu, Hug VI, fils naturel de son oncle Ramon.