Guillem II de Besalú est le fils aîné de Guillem Ier, héritier du comté de Besalú. Il prit la succession de son père en 1052, à sa mort.
Marié à Stéphanie, fille du comte de Provence Geoffroy, il eut deux enfants : Bernat III, dernier comte de Besalú, et Stéphanie, qui épousa le comte de Foix Roger II.
Guillem II est mort assassiné en 1066. Son comté passa à son frère Bernat II.